Prototype.js - это кроссбраузерная JavaScript-библиотека, которая может облегчить работу с Web страницей. К слову говоря, она используется в серверном фреймворке Ruby on Rails, на котором, к слову говоря, написан Twitter. Давайте сразу скажу, почему я упорно называю её Prototype.js, а не просто Prototype. Дело в том, что в JS есть одноимённый объект - prototype. И есть он у всех объектов и вообще у всего кроме null и undefined, которые объектами не являются.
И это не случайность - что они называются одинаково. Prototype.js расширяет стандартные объекты браузера и вообще JavaScript. Ну а такое вот расширение производится через объект prototype. Профессионалы и гуру JS называют Prototype.js "фреймворком созданном непрофессионалами для непрофессионалов", а подобный метод - "monkey patching". Действительно метод, используемый prototype.js, может конфликтовать с браузерами, да и с другими скриптами. Однако он удобен, и против этого не возразишь. Ладно, не будем здесь говорить - хорошо это или плохо. Изучив prototype.js, вы сами всё узнаете и поймёте.